高通量SNP基因型分析平台

一、設備位置：國立臺灣大學農藝系310室

二、設備介紹

Fluidigm EP1 System符合不同研究範疇所需之基因型分析，與現行其他SNP基因型分析平台，如Sequenom’s MassARRAY,、ABI’s OpenARRAY、Beckman Coulter’s SNPstream等平台比較，Fluidigm所需之分析流程時間最短，也具有較高的靈敏度、準確率、檢出率 (call rate)與分析轉化率 (assay conversion rate)。此系統採用整合流體通路 (Integrated Fluidic Circuit, IFC) 技術來簡化操作，提高流量，實現奈升 (nanoliter) 級的精密度 (只需2.5 ng DNA)，並能為高通量的基因定型分析 (genotyping) 應用節省大量成本 (試劑用量更少，樣本更小)。High Precision 96.96 Genotyping ™系統含括一台IFC Controller、一台FC1™ Cycler (PCR擴增儀) 和一台 EP1™ Reader，能夠同時進行9216個 (96 template DNA x 96 SNP primers) 即時的PCR實驗，於四小時內產生9216 SNP 資料點，一個助理在一天內可產生36000 SNP資料點

三、服務項目

平台提供服務項目包含：

高通量SNP基因型分析儀
1. 校內申請者須自備晶片並提供樣本，由本平台儀器操作人員負責上機。
2. 校外單位另外可選擇全程委託上機，由申請者提供樣本，由本平台儀器操作人員負責提供晶片，並進行材料備製與上機。
資料分析與諮詢
1. 利用水稻高通量SNP基因型分析結果進行圖譜建置 (map building)
2. 利用水稻高通量SNP基因型分析結果進行數量性狀基因座定位 (QTL mapping)
3. 其他相關統計與生物資訊諮詢服務
教育訓練：本平台將不定期舉辦SNP基因型分析與作物分子輔助選種工作坊，學員將參與高通量SNP基因型分析儀實際操作，或提供資料分析之訓練課程。

四、開放服務時間：

週一至週五 9:00 至 17:00，週六、週日及國定假日不開放。

五、預約方法

高通量SNP基因型分析儀預約方式：在預定使用日前一週，以e-mail寄送高通量SNP基因型分析儀使用申請表 (附件一) 預約您所需要的時段。
- 範例: 欲於 1 月 14 日進行實驗，需於 1 月 7 日前17:00前寄送申請表。
資料分析與諮詢：以e-mail寄送資料分析與諮詢服務申請表 (附件二) 預約諮詢。
教育訓練視需求情況另外規劃開課時間。

六、收費標準：

高通量SNP基因型分析儀 (單位：新台幣元)：

	台大生農院	台大非生農院	校外身分
基因型試劑*(每筆訂單)	30,000	36,000	40,500
處理試劑*(每晶片;最多92樣本)	8,000	9,600	10,800
全程委託上機(每晶片)	-	-	94,500
協助資料處理(每小時)	1,500	1,500	1,500

*需自備晶片

收費範例：
以台大生農院使用者某次申請以高通量SNP基因型分析儀使用兩片晶片進行92 x 2樣本基因型分析費用為：30,000 + 8000 x 2 = 46,000 元。

資料分析與諮詢：台灣大學生物資源暨農學院之使用者計價方式如下
1. 利用水稻高通量SNP基因型分析進行圖譜建置：每次NTD$20,000
2. 利用水稻高通量SNP基因型分析進行數量性狀基因座定位：每次NTD$40,000
3. 其他相關統計與生物資訊諮詢服務：

前半小時免費，爾後每小時NTD$1,000 (未滿一小時，以一小時計)。若申請上述第1、2項服務項目之使用者，前兩小時諮詢免費。若需使用本系計算設備，則電腦使用費依使用狀況另計。

台灣大學非生物資源暨農學院(院外)之使用者，以上述收費標準1.2倍計價；非台灣大學(校外)之使用者，以上述收費標準1.5倍計價

教育訓練：視課程規劃另訂收費標準。

七、使用規則及注意事項

自行上機之使用者需遵守操作手冊進行儀器操作，未依規定造成機器損壞概由使用者負責賠償。
未依規定致使實驗數據不完整，本中心恕不負責。
未遵循儀器使用規則，第一次口頭警告，第二次取消使用儀器一個月，第三次則取消儀器使用權利。

八、聯絡方式：台大農藝系劉力瑜副教授 lyliu@ntu.edu.tw

附件一、高通量SNP基因型分析儀使用申請表

附件二、資料分析與諮詢服務申請表

Joint Center for Instruments and Researches, College of Bioresources and Agriculture, National Taiwan University